财政跟吏治自古以来一直都是政府最关注的两大问题，所以李汉在同孙黄等人会谈时，也是按照一贯习惯，将两大问题摆在最前面。
当然，将吏治跟财政摆在最前面他还有其他的意思。财政问题是当前新政府所需要面临的最大难题，高达数亿的债务显然不是现在的国民党所能承担跟吃下来的，国内除了他跟西部之外，没有人能有那个能力控制住财政不使新政府滑落进破产的无底深渊之中。同样吏治也是如此，国民党不分青红皂白的乱拉人，实际上已经跟国内的许多官宦集团之间有了合作，即便现在李汉将总统位子让给了孙黄，也不见得两人就有那个决心转身便翻脸，对着昔日的准盟友开刀。而澄清吏治又一直都是举国各阶层的意志，他这是要拿自己的优势跟决心，逼迫国民党...准确说是两人知难而退，这样日后即便他要对付国民党，也能让两位在革命党中有大威望的人不好拿大势来对他进行声讨。
排在财政跟吏治问题之后的，首当其冲便是国防问题了。新政府的国防问题是孙黄二人当前最关心也是最插不上嘴的，因为陆军部总长段祺瑞不是李汉的人被他排挤在了核心集团之外，所以国防问题由蒋方震亲自讲解，他是李汉任命的总统府下属总参谋部的总参谋长，国防问题上比段祺瑞还有发言权。
很让人意外的是，新政府的国防体系其实并不是出自李汉又或者蒋方震之手，而是暂时还在北京为袁世凯守灵的另一位国内军事大家---蔡锷、蔡松坡。他虽然几次拒绝了李汉的邀请，不过还是通过老同学蒋方震将自己那份原本递给袁世凯，却还没来得及施行的国防纲要又给了李汉。毫无疑问，他的国防纲要虽说在空军跟机械兵种的规划上先天性存在短脚。但是却十分有先见性的提出了建立隶属中央直接指挥的统一国防军体系，组建参谋体系，在国内划分西南国防军区、东北国防军区、外蒙国防军区等诸多非常有先见性的提议，与李汉跟蒋方震二人的观点不谋而合。
最终，新的国防体系建设李汉点头，总参谋部正是按照蔡锷的草稿，进行了合理规划、修正了一些不足之后直接采用。
按照蔡锷的方案，整顿跟组建国防军体系将大致分为三个阶段共十年。第一阶段，建立全国统一的国防军体制，分出地方军、中央军的划分，统一标准改编为国防军某某部，地方部队在充实人数、砍削编制后授予国防军正式番号、军旗以及军歌等，不得再拥有任何地方番号，比如什么安徽第一军、浙江第一师、四川第五师之类的番号。原先各种名义的地方部队如巡防营、民团等，经过筛选后一律编入国防军，今后全国只有国防军一支军事力量。一般的社会治安将由地方陆军学堂跟警校毕业的警察负责。这一阶段初步预期为半年到一年，若是有一个强力的政府，将会在更短时间内完成第一阶段。
第二阶段，给予各改编部队一定期限的过渡时期用来提高训练水平和充实装备，所有部队都要达到统一考核标准才能被授予正式番号。在过渡政府时期，各地改编的部队暂且仍由地方发饷。待整编成功，考核通过，一律都由中央发饷，军饷全国统一，不存在任何歧视或照顾。这一阶段是最重要的阶段，在这一阶段里，除了改革军事指挥层面，中央设立国防、部，由总统作为国家海陆军最高统帅亲自任命国防、部长，行使军队统帅权外，还将成立德式的总参谋部，为军队提供军事情报、后勤、计划与人事。其主要任务是在总参谋长领导下，贯彻执行最高统帅和国防、部长的命令、指示，搜集和提供情报，拟定和组织实施战略战役计划和动员计划，指挥并部署协调各军种、军区、战区及各种武装组织的作战行动。有的总参谋部还负责拟定和组织实施武装力量建设计划，掌管军队的组织建设、装备计划以及军事训练、行政管理等事务。蔡锷显然对德式的总参谋体系十分推崇，不过也增加了许多自己的看法，比如他认为总参谋部在和平时期需定期（每三个月）召开一次会议，除了交流军队的训练跟装备情况外，还需要研究跟制定有关周边各国的军事部署等，这一点很有先见性。除此外，第二阶段也是最重要的一个阶段。蔡锷认为以中国的地大物博，至少需要编练70-90个国防正规师，拥有一百二十万上下的兵力，才足够防御来自英法日俄四个在陆地上同中国接轨的列强国家的觊觎。除此外，还要拨发巨资重建北洋、南洋海军庇护国防。在蔡锷的计划中，这一阶段将持续五年甚至更久，要视国家的财政情况跟中央与地方实力派的强弱而定。
有关编练军队这一点上，李汉跟蔡锷之间有些分歧，他主张暂时牺牲海军，以延后十年甚至二十年发展海军，来换取足够的资金建设大陆军，因为一般情况下，一艘之前他曾有意跟美国购买的老旧弗吉尼亚级战列舰，一艘的价值便足够装备一个半的德式陆军师，更好一点的康涅狄格级战列舰一艘造价便抵得上近一千辆未装备火炮跟机枪的战车原车，就算是整车也能装备两百多辆。不夸张的说，十艘战列舰的造价，足够建设出一支在远东数一数二的陆上强军了！
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