徐辉祖去陕西后，基于各方面的考虑，经朱元璋同意，朱允炆决定对武学官员、教员进行了大调整，齐泰任兵部左侍郎，何福任平羌将军，沐晟任后军左都督，铁铉任山东参政。综合了茹瑺、齐泰、铁铉、黄子澄等人的意见，决定让山东左参政陈迪担任武司业，左佥都御史景清为文司业，大理寺司务暴昭为主簿，密云卫指挥使平安任骑兵教官，山东济南卫指挥使盛庸为火器教官，大同卫指挥使陈质任步兵教官。这些人里朱允炆知道的只有盛庸和平安，所以朱允炆便召集这些人进行了面谈，比较满意，不由得感慨，开国之初，贵族还没有腐朽，平民也追求上进，所以文武双全的极多。另外由于武学的级别较低，陈迪、景清和暴昭的俸禄都有些下降，所以朱允炆征得朱元璋的同意，保留了他们的原有品级和俸禄，至于武学的职位评级，朱允炆无法调整，因为国子监的级别就是如此。
朱允炆经过这两天处理政事，逐渐明白维护如此大的一个帝国是多么的困难，工业水平的落后导致没有汽车等交通工具，也没有电报、电话等远程通讯的手段，从帝都传往北部的诏令，最快也要一个月才能往复，所以不得不给边疆将士充分授权，但这又让京师的皇帝担心边疆将士拥兵自重；再者西北缺水，粮食产量很低，在靠人力、畜力和原始道路的情况下，粮食运输也非常困难，所以自从唐以后，由于水土流失严重，关中无法建都，自然也失去了对西北支援的能力，导致五代以后，西北沦入胡人之手。大明建立，虽然努力拓边，但是也仅到嘉峪关而已，离汉朝的玉门关、阳光相隔有千里之遥。
所以朱允炆能想到的办法，分两步走，一是提高粮食产量，二就是提高军队的战斗力。解决办法就是保持水土，引进良种，使用化肥，发展火器，还有就是研究蒸汽机等等......
朱允炆最近花了大量的时间在工学院，让他们用水利器械来碾碎矿石，生产化肥，让农学院进行测试；再有就是召集一群纺织匠户，让他们研究效率更高的纺纱、织布的机器；最后是兵棋方面，让火器工匠研究最原始的火炮和手榴弹，好在手榴弹比较容易制造，已经基本定型，火炮也在逐步实验。为此朱允炆专门指定了工作条例，给工匠极大的自主性，并提供重奖，王全这个工学院院长也逐渐找到了感觉，做事情越来越顺，工学院的人员也越来越多，从各地迁入大量的匠户，导致工部尚书严震直都有些不满，不过好在朱允炆承诺工学院的成果优先提供给工部，严震直才满意而去。
过了十几天，朱允炆在批阅奏折时，发现了兵部撰写的关于府兵和卫所的资料，待批阅完紧急的奏折之后，拿起这个资料详细的看了一下，发现写的很详细，唐府兵的资料主要来自新旧唐书的兵志，还有南宋陈傅良的《历代兵制》，卫所也总结是最近的资料。朱允炆看了三遍，对府兵制和卫所有了大致的了解......
府兵制度，起于西魏而盛于唐，起源于游牧民族的出则为兵，入则为民的传统，当鲜卑人入主中原后，鲜卑人逐渐成为府兵，所谓府兵，就是隶属于军府的士兵。随着战争的升级和鲜卑人数量的减少，汉人也逐渐成为府兵，到隋、唐，府兵成为正式的军事制度。唐时，在关内外设六百三十四折冲府，关内道多达二百六十一府，上府兵1200人、中府兵1000人、下府兵800人，全国府兵共计60余万人，府兵从农民中选出，授以田亩，二十岁到六十岁服役，免除所有赋税，平时务农，战时出征，但武器、战马和衣食要自备。这种制度的优点是国家军费负担很轻，且将兵分离，没有拥兵自重的问题。
但府兵制也存在很多问题，府兵制以游牧民族的兵制为蓝本，所以和强盗差不多，如果出征没有获胜，得不到赏赐，或者出征时间太长会导致缴获相对减少，那么府兵就会越来越穷困，进而影响府兵的斗志和战斗力，如果战死的府兵太多，会让农人望而却步，无法补充府兵。所以府兵制在国家整体战略转攻为守时，就会出现问题，防守时需要大量的士兵，服役时间过长，且没有缴获和赏赐，这些特征都是和府兵制矛盾的。所以在唐朝中期之后，府兵制就崩溃了，代替为募兵制。
本朝的卫所制并不是首创，起源于元朝的卫所制，元朝以抢掠起家，所以让汉人以半奴隶的方式进行屯田，便于迅速恢复生产和满足蒙古贵族的享乐。当洪武帝驱除元兵后，获得了大量的卫所土地，并且长期战乱，地广人稀，所以大军占领土地之后，往往让军队就地屯田，建立卫所。在边疆更是如此，所以卫所遍布大明。在洪武二十六年，内外卫三百二十九个，按编制每个卫所为5600人，全国卫所兵为一百五十万左右，平均每个卫所兵年俸十八石左右，所以全国军队俸禄共需要2700万石。而同年夏税、秋税的数量在白米2500万石、麦子470万石、绢28.8万匹。目前卫所兵的俸禄基本能够自给，少量靠地方补助，但是一旦卫所出现问题，庞大的军饷会耗尽国家的岁入。
卫所制本身来说，要强于府兵制，首先也没有拥兵自重之患，其次对于边疆地区的控制要强于唐朝，但是由于士兵负担较重，所以逃兵甚多，卫所屯田的产出必然会不稳定。而且卫所是世袭的，世袭这东西其实是很不靠谱的，老子能打仗，儿子未必能打仗，所以卫所的战斗力必然是逐步下降的。而且这个卫所世袭让朱允炆想起了土司的农奴制，军队是一个上下级森严的组织，如果士兵随时随地受军官控制，那么和奴隶有什么区别呢？想到这里，朱允炆不由得打了一个寒颤，卫所恐怕就是因为这个原因崩溃的吧。
朱允炆合上兵部的奏折，觉得卫所是必然要改革的，卫所铸就了大明的辉煌，在人口稀少的情况下，完成了帝国的统一和战后的重建，但是随着社会的发展和吏治的腐败，必然会出现问题，自己需要做的是逐步进行，首先改善军户的生活，然后逐步废除卫所。但是在这个时候做这个是不太适合的，得解决了朱棣才行。
朱允炆还想起了一个问题，军户制相对降低了士兵的自主权，军官的权力相对增加了，这会导致士兵的逃亡和奴隶化，还会导致军官的腐化和堕落，所以在明朝后期，军官的素质迅速下降，被文官瞧不起，并玩弄于鼓掌之间。
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