这种“番地”、“腹地”的区分，难免又被日本曲解成“番地无主”。故而，总理衙门再次发布上谕，严厉强调：“番地虽居荒服，究隶中国版图，其戕害日本难民，当听中国持平办理，日本何得遽尔兴兵，侵轶入境。若谓该国仅与生番寻仇，未扰腹地，遂听其蛮触相争，必为外国所轻视，更生觊觎。衅端固不可开，体制更不可失。该督惟当按约理论，阻令回兵，以敦和好，不得以番地异于腹地，听其肆意妄为也。”“天下观”里的“番地”、“腹地”概念必须服从于“世界观”下的领土主权，这是清廷对台湾是中国领土的最清晰表述。
两边声明走了一波，西乡从道还是带着他的探险队出发了，不可衅自我开的清军还是选择了克制，居然让西乡从道在琅峤登了陆。已经完成了军事改革的日军，打一群只是勇武的生番，自然是皇军武运长久，牡丹社酋长阿实禄父子等一开战便战死沙场，让日本人报了琉球难民之仇。然后日军便开始了臭不要脸模式，以龟山为中心建立都督府，准备赖在台湾不走了。
清政府得知日军侵犯台湾消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沉葆桢率军直赴台湾。沈葆桢等到达台湾后，一面与日军交涉，一面积极备战，不过迟迟没有开火。日军由于不服台湾水土，士兵病死较多，日本政府也知道不能立即军事占领台湾，不得不转而寻求外交手段解决问题。
六月初夏生番出草，十月初九两边就又在北京谈上了。日本派大久保利通为全权大臣，到北京与总理衙门谈判。大久保利通此行带了不少国际法专家，准备用国际法与中国辩论台湾“番地”的主权问题。谈判长达四十多天，中日共举行了五次会谈，均是讨论“番地”主权问题。大久保利通频繁援引《万国公法》，总理衙门诸大臣尽管在“番地”主权问题上寸步不让，但对《万国公法》，却自始至终采取回避态度。恭亲王给大久保利通的照会中说：“本王大臣未能详悉泰西公法全书精义，不敢据以问难。”文祥也在问答中说道：“至大久保所说《万国公法》，并无中国在内，不能以此责备中国。”
清廷以软（谈判）硬（备战）两手迫使日军撤离台湾，保全了台湾领土主权，但仍是事件中的大输家——日本内务卿大久保利通曾欢呼此事的了结：“呜呼！此诚为古今所罕有，终生所无的大业！”因为清廷与日本签订了结此事的《北京专条》里有这样两条不是人话的记载：其一、“兹以台湾生番曾将日本国属民等妄为加害日本国本意为该番是问遂遣兵往彼向该生番等洁责。”——这等同于承认了之前被台湾番民杀害的琉球民众属于日本，为日本吞并琉球留下了口实。其二、“日本国此次所办，原为保民义举起见，中国不指以为不是。”——清廷只求日本撤兵，余概不问，是非之颠倒莫此为甚。而且日本人也像果兴阿一样，利用不得不的撤兵，讹诈了大清足足五十万两白银。
“诸位，可以开始谈判了吗？”合约刚刚签过字，大久保利通正满心欢喜的准备回去庆祝的时候，一个懒洋洋的声音从大堂门口传了过来。
大久保利通不认识这个一身大清官服却没有辫子的家伙，但是恭亲王奕欣以下的所有大清官员都认识他，这个人正是北满州驻北京公使栾玉。台湾事件折腾了半年，北满州一个字都没有说过，现在他们突然冒出来，这个意思可就有点深了。
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