形式越来越急迫了，毛文龙不得不决断了。
依毛文龙的脾气，杀了袁崇焕也无不可。但是袁某人是朝廷的督师，朝廷大员，杀了袁崇焕更坐实了“毛文龙拥兵自重，图谋不轨”的罪名，这本是登莱总兵杨国栋和袁崇焕欲加于毛文龙之大罪，不是给人口实吗？不造反也是造反了。
对袁崇焕逆来顺受，更不可能，袁崇焕已经举起屠刀，据说还是后金提出的议和条件，不杀毛文龙，袁崇焕无法与后金议和。“议和”是袁崇焕的当前大计，所以他是非杀毛文龙不可的。
真的就应了那密信的话，只有告病还乡，交出权力和军队。即便如此，是否遂了袁崇焕之心还未可知？
毛文龙和他的亲信们最后商议的结果是：
毛文龙给朝廷发一封奏折，说明事情原委，特别点出对后金议和是宠惯贼寇的行为，绝无好结果。毛文龙父子交出所有权力和军队，辞去官职，告病还乡。奏折秘密走水路送达南京兵部，转交北京朝廷。如果直接送往北京要经过山东登莱总兵杨国栋的地盘，走大沽口更是袁崇焕的天下，均不可能安全送达朝廷。
明朝有两个都城，这在历史上是很独特的现象。永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。南京有只有为数不多的几个有实权的部门，像南京兵部、南京守备太监、操江提督、锦衣卫的南镇抚司等，其他都是虚职。
毛文龙把东江军队分为五个协，分别由刘兴祚、耿仲明、林茂春、孔有德、曲承恩，五人临时分别看守管理，等待朝廷命令。
五月二十八，袁崇焕到达双岛（金州海外西南），随即传毛文龙到双岛。
事急矣。毛文龙传令安排船只，做好出海准备。
六月初一夜间，由李、王两位师爷各执一份相同的奏折，分乘两艘快船，扮作行商，乘夜色分批出发，每船派家丁10人护送。先到达南京的则将奏折递交南京兵部。
六月初三，袁崇焕催促公文又到。并质问抓捕关宁水兵之事。毛文龙不得不行动了。当日将随行物品搬运上船，家眷和随行家丁同时上船。安置就绪。
六月初四凌晨，毛文龙传令：到中午时分，释放拘捕的关宁水军兵丁；府中大堂上，留下告病公文。毛文龙父子登上兵船，悬挂出左都督旗帜，卯初（凌晨5点）拔锚起航，南下返乡，连同护送兵船共10艘，组成临时舰队，取皮岛路径，然后，直航杭州。
东江军的战舰不是很多，这10艘船几乎是东江军的所有家底了。由于后金基本没有海上力量，所以处于前线的几支部队，如东江镇、关宁、登莱水上力量都不是很强。
中国毕竟是大国，说海军力量不强，仅仅是相对大国地位而言。周围的小国，像日本、朝鲜、琉球甚至西方已经到达亚洲的航海列强也是惹不起的。东江镇、关宁、登莱有北方的海军力量，南京也有水军，福建的海军最强，主要是归降朝廷的郑芝龙部，当时的海上强国荷兰都是手下败将。南海琼州还有海军。在中国近海大明朝廷不惧任何敌人，只是不能到远洋争霸罢了。
......
袁崇焕得到毛文龙出走的消息已经是中午时分。毛文龙已经走了三个时辰（6个小时）了，而且是一路向东偏北（皮岛方向），风向侧风，已经走出数百里了。
袁崇焕气急败坏，手中的精致茶杯摔得粉碎，双岛在金州半岛（辽东半岛）的西侧，毛文龙从半岛东侧出海向东航行，袁崇焕要追必须绕过半岛，这又增加了100多里。多快的船也追不上了。虽然袁崇焕事先在东边布置了六艘兵舰，是用来防备毛文龙逃跑的。那只是防备毛文龙狼狈逃窜，而不是有计划的逃跑。关宁军水军的船只、装备强于东江水军，但是士兵的战斗力是比不上东江水军的。如果用六艘对东江军十艘兵船绝对是败仗。
袁崇焕的判断很正确，毛文龙的十艘船一出海，就碰上了预先埋伏于此的六艘战舰。这六艘战舰上，挂有关宁水军的旗帜，见来船上有毛文龙的左都督旗帜就包抄上来，并打出旗号勒令停船检查，这六艘船只有一艘大船，大约一千料，其余都是500料以下的小船。
这个时代的海战，跳帮作战还是很常见的战法，就像陆战中的拼刺刀。双方的战船都只有部分船只安装了火炮，其他船上仅有手拿弓箭和大刀长矛等待跳帮的士兵。
毛文龙一方的官兵都很气愤，明明悬挂左都督的旗帜还敢阻拦，真是不要命了。毛文龙的坐船2000料，另有三条1000料的大船，这三艘战舰是东江水军的主力战舰，都装有数十门火炮，其余也在500料以上，火炮较少，有的船根本就没有火炮。东江军战斗力远强于关宁军。
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