对于康藏军，国防军给出的编制体制，与当初对罗汝才的部队改编时基本相同，中间等级的编制比较严整，便于指挥，上下两端适当放开一点，尽量靠近他们的习惯。
部队的基本编制就使用“小队”、“中队”、“大队”的名称。小队300人、中队1000人、大队5000人。岳西军现在有六万多人，编了十几个大队。
队的番号使用数字编号，例如一大队、二大队之类的，也可以临时给一个特别的名称。这三级很规整，也是战场上调动的常用单位，便于头领指挥。
小队之下有：大旗（百人队）、小旗（十人队），但是都比较随意。
大队之上是按照临时需要组建的，名称可以叫做联队、也可以叫做军团，总之不是固定的编制，随用随编，不用就解散。
部队设一个总兵官，是这支部队的总指挥，国防军建议暂时由马守应自己兼任，日后看情况再改变。以朱万化的知识，还看不出革左五营的哪一位具备统帅的才能和品行。
康藏军的训练稍微简单一点，火铳的射击和手榴弹的投掷他们自己已经训练过了，动作、队形都不怎么样，但是对上冷兵器的藏族、蒙古族的军队还是不成问题的。三眼铳他们没有用过，应该训练一下，特别是骑兵，如果武装上三眼铳，他们将杀遍西南无敌手。
所以军队的训练主要就集中在军纪方面了。岳西军原来的军纪就不错，有点基础，但是他们原来组织松散，战场纪律也就不很严格。现在就要拿出一些军纪的条款，特别还参照了罗汝才的西路军的军纪条款，让马守应、李岩与众位头领修改，制定符合康藏军的军纪、战场纪律。条款要简单，所有军人都要懂得，还要会背诵。再结合队列训练强化军纪。
康藏军的队列训练是很初级的，没有“左右左”步伐整齐的训练，只要能够跟着队形走，运动中不乱套就可以了。各级军官都要下去喊口令，训练场中，就是军纪训练的集中体现。
训练的过程中，给他们配的三门火炮运到了，老回回的队伍组建炮队相对容易一点，因为中原地区，文化程度高，识字的人很多。识字，能看懂教材就好办。
这个炮队有三门火炮，每门火炮十人，加上辎重、警卫，炮队编制100人。
大炮实弹射击的那一天，不少头领都过来看，马守应、李岩、牛金星等等都来了。当他们看到大炮的射程有五里之远时，都很兴奋，有了这样的大炮，对付西南那些土山寨就是攻无不克呀！康藏军在西南地区就是一霸了，谁能为敌？
在康藏军整编练兵的时候，河南巡抚吴甡来了，他名为视察大别山区新收复的各县，实质上他还有一个特别的使命，这是朱万化特意请他来的。这个原因只有朱万化知道，他要给马守应看病！因为朱万化知道历史上的马守应大约十年之后就病故了，并且病故之前好几年的时间已经是病魔缠身。现在，马守应肩负着西南的使命，眼下的康藏军中还没有可以替代他的人，朱万化可是不想康藏的策略半途而废。吴甡不但是个官员、政治家，他还是个医生，而且是名医！医术了得，在明末很有一些名气的。
看病是秘密进行的，马守应是康藏军的灵魂，可是不能造成军心不稳。马小六派人以会商军务的名义把马守应接到岳西城中，河南省的巡抚亲自给他看病，特别是吴甡暗中点明这是督军大人的关照，马守应可是受宠若惊，不知如何是好。
结果还真是没有白看，作用很大。马守应的病是“心血不足”，用现代的话说就是冠心病。在古代是不能做支架的，没有那个医疗水平。但是中医对于慢性病的保养、治疗、饮食起居方面的养身之道可是很专长的。吴甡给他开了药剂，都是药材品种不多，剂量很小，很多都可以与茶饭同时进食的。还写明了今后的保养方法，饮食禁忌等等。按照吴甡事后对朱万化的禀报，马守应现在的病不严重，只要治疗保养得好，与常人无异。有了这个结论，朱万化就放心了。
这件事对于马守应可是不得了，回去之后，他激动得坐卧不安，最后在家里设立了督军大人的牌位，每日焚香祈祷，发誓要尽全力报效督军大人。
......
康藏军有六万多人，按说他们这么多人，向西康进发就应该从陆路行进，这一路上只有入川的一段的道路比较艰难，但是，从湖广进出四川的通道也是千百年来走出来的古道，大军同样可以通过的。可是这样一支曾经的乱民大军招摇的通过湖广、四川还是会造成很大的影响，甚至会有麻烦。这两个省份目前还都在朝廷的控制之下，这种事情传到朝廷还不一定会引起什么样议论和事端。
因此，联省就打算通过水路转运康藏军。上船地点选择安庆上游大约四十里的一个偏僻处，修建一个临时码头，这个码头在潜山境内，距离岳西不远。调动大型的客货船只从这里起运，第一站达到宜昌。
长江中下游的船只都比较大，每一条船都可以运输1000人左右，一个多月的时间就可以运输完毕。
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